ときは2122年4月。歴史学者を目指す歴史オタクの日下部みやび（山田杏奈）は、銀杏高校に入学する日を迎えていた。学校に向かう途中、いじめられている小学生を助けたみやびだったが、小学生は「あんなに大勢じゃ絶対に勝てない」と漏らす。みやびは、「絶対は、絶対にございません」と戦国武将・織田信長の言葉で諭すが、小学生は織田信長を知らなかった。この時代では、明治以前の歴史の授業は廃止されており、みやびのように歴史好きでない限り、信長の存在は知りようもないのだった。

学校に到着し、上級生たちに出会ったみやびは、特進クラスでお世話になります、と自己紹介する。しかし、「特進」と聞いて表情が変わった彼らは、みやびのカバンを奪い壁の外に放り投げてしまう。その後ろを、干し柿を手にした一人の男（永瀬廉）が通り過ぎる。

みやびが正門に戻ると、先ほどの上級生たちが倒れていた。その中にいた男は、「俺は織田信長」と言い、特進クラスであることを明かす。織田信長という名前に驚きを隠せないみやびだったが、思わずその姿に見惚れてしまい…。

そこへ、小柄で猿顔の学生がやってくる。豊臣秀吉だ。みやびの怪我の心配をしながらボディタッチし、女性に目がない様子。さらに、武田信玄、伊達政宗、上杉謙信、明智光秀、黒田官兵衛が次々とやってきて…。なんと彼らは名だたる戦国武将たちのクローン高校生だった！

そんな中、生徒たちがホールに集められる。最前列には特進クラスのメンバーが並び、他の生徒たちは、特進メンバーをにらんでいる。血気盛んな生徒たちに、理事長の別府ノ守与太郎は、銀杏高校で一番強い人物を決めると宣言し、「旗印戦」が開幕した！　旗印戦では、倒したい相手を記入した旗印を揚げ、勝てば相手のポイントを獲得。一番ポイントを獲得した者が、“てっぺん”である総長と戦う権利を取得できるという。翌日、「2時間以内に武田信玄を倒す」と書かれた旗印が出されて…！？