コナンは、蘭、小五郎と共に長野県にある虎田家の屋敷を訪ねる。依頼主は、当主の虎田直信。転落死した跡取り息子・虎田義郎を見殺しにした犯人を見つけてほしいというものだった。義郎は数日前、竜巻に遭って岩場に落下、遺体は次男の虎田繁次によって発見された。遺体の脇には、この辺りに生息していないはずのムカデの死骸。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、虎田家は誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたと考えていた。コナンが犯人の心当たりを聞くと、直信の妻・虎田達栄は長年いがみ合っている龍尾家の中に犯人がいると訴える。
一方、龍尾家の屋敷には、平次と和葉の姿があった。依頼人は当主の龍尾為史。息子の龍尾康司が身体を縛られた上に頭を鈍器で何度も殴られて撲殺され、その脇には血が乾く前に置かれたムカデの死骸があった。警察の捜査が思ったように進んでおらず、平次に声をかけたのだ。龍尾の妻・龍尾盛代は、義郎の死を龍尾家のせいだと逆恨みした虎田家の誰かの仕業だと訴える。遺体はもう１人の息子、龍尾景が流鏑馬の練習の帰りに発見したという。
平次たちは繁次に、コナンたちは裏の林で妻・龍尾綾華と共に流鏑馬の練習に励む景に聞き込みをし、それぞれの遺体の脇にムカデの死骸があったこと、六年前に祭りで流鏑馬の射手を任されていた甲斐玄人という人物が、練習中に崖から転落したことを知る。
甲斐の遺体を発見した義郎の妻・虎田由衣に話を聞くため馬小屋へ向かった二組は合流。馬小屋では、長野県警の大和敢助刑事がすでに由衣を尋問していた。刑事である大和に会いに行こうとしていた被害者二人。遺体の脇に置かれるムカデの意味とは？　鎧武者の影が現れ、新たな事件が発生する――。