事件ファイルCASE FILE
大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー（結）
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大阪府警の本部長の平蔵、刑事部長の銀司郎、大滝警部、京都府警の綾小路警部が集まる大阪府警の合同捜査本部。コナンは小五郎に向けて麻酔銃を発射。コナンは眠りの小五郎として今回の連続爆破殺人事件の核心に迫る。恩田、末村を爆殺した犯人の意図は自身のアリバイを確保するため。車の故障によって1日早まってしまったが、恩田が本来亡くなる日に海外主張を予定していた米倉。映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」プロデューサーの米倉は末村を倉庫に行かせる事が可能だった。
2人を殺害した犯人は米倉だったのだ。眠りの小五郎は米倉が車に積んだ爆弾を空港の駐車場で爆発させるつもりだったと推理。米倉は全ての罪を石澤に着せようと企てていたのだ。眠りの小五郎は10年前の4人組による強盗事件が動機だと説明。その時、平次が恩田の自宅から証拠となるビデオテープを持ってやってくる。テープには強盗した時の恩田、米倉、末村、石澤が映っていた。コナンは4人が映っていたため、撮影した5人目がいたと推理する。米倉の狙いは関係者を全員殺害する事。コナンと平次は米倉がもう1人も殺害するため、どこかに爆弾を仕掛けていると確信する。
大滝たちは5人目の強盗犯の特定を急ぐ。コナンと平次は病院にいる石澤に会いに行く。石澤は米倉に監禁された事を認め、米倉に脅されて爆弾を作った事も白状する。その頃、蘭、和葉、歩美、光彦、元太は映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の一般向け制作発表が行われるアベノハルカスの特設会場に来ていた。和葉はバルーンのゴメラ、ヤイバーと自撮りして平次のスマホに送信する。石澤は平次とコナンが病室から離れた隙に変装して病院から出ていく。
この後、石澤には浩一（こういち）という2つ上の兄がいる事が判明する。綾小路は5人目は浩一の可能性が高いと考える。その頃、石澤は古いアパートに住む兄の浩一を訪ねていた。石澤と浩一が話していると、物陰からコナンと平次が現れる。コナンたちは病院からずっと石澤を尾行していたのだ。浩一は一瞬の隙を突いて逃げていく。浩一は人混みに紛れて逃げようとするが、コナンは浩一を何とか見つけ出して捕まえる。
平次はコナンと合流した後、自宅を調べたが爆弾は見つからなかったと伝える。浩一を殺害するために米倉は浩一の自宅に爆弾を仕掛けたと睨んでいたコナンと平次は困惑。この後、浩一は仕事をサボった事を明かす。それは米倉から頼まれたイベントの警備の仕事だった。平次がどこの警備か訊くと、浩一はアベノハルカスで行われる映画の制作発表だと答える。それは蘭、和葉たちが行っているイベントだった。コナンと平次は皆を助けるために動き出すが、爆弾が爆発する時刻は刻一刻と迫っていた…。