事件ファイルCASE FILE
大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー（破）
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大阪の日売テレビの新社屋完成記念映画「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の制作発表会に招待されたコナンたち。制作発表中、敏腕プロデューサーの米倉が倉庫で巨大な怪獣フィギュアの下敷きになって絶命する。フィギュアを支えていたロープはナイフで切られていて、大阪府警の大滝警部は事件として捜査を進める。そして、コナンと平次はわずかな手掛かりから米倉の部下のプロデューサー、高内と三原の共犯だと見破る。高内と三原は米倉の車を奪って逃走するが、その直後に車が爆発する。
翌朝、大滝警部は本部長の服部平蔵、刑事部長の遠山銀司郎に捜査状況を報告する。爆弾は暴走した衝撃で爆発した可能性が高く、運転していた高内は即死だった。高内と三原が逃走した時、日売テレビにいた京都府警の綾小路文麿警部。平蔵は現場にいた理由を訊ね、綾小路は一昨日、京都宝ヶ池の道路で死亡事故があった事を明かす。亡くなったのは脚本家の恩田崇（おんだたかし）。親の財産を食いつぶして生活していた恩田は自宅付近の山道から車ごと崖下に転落。綾小路は事件の可能性を探っていた。
赤と青のスポーツカーを所有し、偶数日は赤、奇数日は青と決めていた恩田。一昨日は奇数日だが、青の車に故障が見つかり、赤の方に乗っていたという。綾小路は恩田の事を調べ、過去に米倉と接点があった事を突き止めたのだ。2人はかつて同じ団体主催の自主映画上映会に参加していた。平次は車に爆弾が積まれていたため、米倉が2方向から狙われていた可能性もあると推理する。
助かった三原は取り調べを受ける。三原は倉庫で米倉はスマホを見て「恩田が、恩田が」と何度もつぶやいていたと証言する。コナンは米倉のカバンの中身を確認。昨日の夜からバンコク出張の予定だった米倉のカバンには航空チケット、パスポートの他に新聞6紙が入っていた。米倉は恩田の事故を詳しく調べていたのだ。この後、大阪南港の倉庫で爆発があり、日売映画社の末村良平（すえむらりょうへい）が爆死する。末村は米倉に頼まれ、「大怪獣ゴメラvs仮面ヤイバー」の撮影に使う倉庫を探していた。末村もかつて自主映画上映会に参加。爆弾は米倉の車に仕掛けられたものと同じ可能性が高かった。
そして、再調査の結果、恩田の車にも爆弾が仕掛けられていた可能性が高いと判明。小五郎は同一犯による連続爆破殺人事件と確信する。綾小路たちは米倉、恩田、末村が参加していた自主映画上映会の主催者、奥田から当時の話を聞き、3人には石澤克二（いしざわかつじ）という仲間がいた事がわかる。理工学部出身の石澤には爆弾を製造する化学知識があるのだ。当時、石澤は3人から陰湿なイジメを受けていたという。そして、鑑識の結果、末村の殺害現場の爆弾から石澤の指紋が検出される。石澤の自宅には爆弾が残っている可能性もあり、大滝たちは特定した石澤の自宅へ慎重に踏み込むが…。