事件ファイルCASE FILE
ホタルが灯した真実
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夜、村を流れる川のほとりでホタル狩りの開始を待つコナン、少年探偵団、哀、阿笠博士。阿笠の友人、宮司の小和田道武（おわだ・みちたけ）はホタルを運んでくる村長の息子、中嶺徳郎（なかみね・とくろう）と携帯で話している。中嶺はあと５分で着くという。洞窟の中にある神社本殿が観光客を集めたのは昔の話。ホタル狩りは道武が思いついた村おこしの切り札だった。ホタル狩りの資金集めは難航し、道武の娘、小和田葵（あおい）に好意を抱く中嶺が資金集めに協力。だが、葵は中嶺との結婚を拒否したという。
この後、中嶺と助手の垂水修一郎（たるみ・しゅういちろう）が乗ったトラックが橋の下に到着。中嶺はトラックの中から指示を出し、運転席から降りた垂水が荷台の幌を開く。すると、ホタルの群れが川や林に向かって飛び立っていく。皆がホタル鑑賞に夢中になる中、道武は垂水に中嶺の居場所を訊ねる。垂水は自分も探していると言って中嶺の携帯に連絡するが…。中嶺と電話で話した垂水は動揺。中嶺は苦しそうに「エボシ岩だ、助けて」と言ったという。コナン、道武、垂水は阿笠の車に乗って川上にあるエボシ岩へ向かう。
一行はエボシ岩の前に停まっている車を発見し、猛然と車に向かって走る垂水。車内では中嶺が絶命していた。コナンは中嶺の口から漂うアーモンド臭に気付く。中嶺は青酸系の毒を飲まされたと思われ、足元には栄養剤のビンが転がっていた。その時、垂水は車内と飛んでいるホタルに気付く。道武によれば、中嶺は村一番の名家の息子、柏達馬（かしわ・たつま）に恨まれていたという。資金集めの際、強引に寄付を迫ったのだ。だが、柏家は破産寸前。道武は幼馴染みの達馬との仲を察して結婚には反対だと葵に念を押す。
翌日、栄養剤のビンは中まで洗ってあった事が判明し、毒入りのビンは犯人が持ち去ったと推理される。被害者はいつも同じ栄養剤を数本常備していたという。村の刑事、鳴滝壮一（なるたき・そういち）は葵と達馬の事を犯人と疑っていた。コナンらがエボシ岩に駆け付けたのはホタルを放した30分後。その間、葵と達馬を見た人がいないという。垂水は自分が疑われていないとわかって一安心。だが、コナンは事件の真相に気付いて…。