ヒロイン、カレンはタイムスリップやタイムトラベルを超越した現象『タイムボカン』が可能なスーパーメカ、メカブトンを操縦する少女。時空管理局、通称JKKの隊員カレンは、おしゃべりな鳥ペラリーノと、ちょっと毒舌なロボのピコボーと共に、オヤダーマ率いる謎の組織『アクダーマ』のビマージョ・ツブヤッキー・スズッキーにしつこく追い回されていた。

　一方その頃、いつものように遅刻をして走っていたトキオは、突然空から落ちてきたメカブトンの衝撃に巻き込まれる。中から現れたカレンに目を奪われていると、強引にコックピットに引きこまれるトキオ。尚も追いかけてくるアクダーマから逃げる為、カレンと一緒に未来へ旅立つことになる。

　状況もよく分からないまま、24世紀の宇宙にあるJKKの基地『コスモガレージ24』に連れてこられたトキオ。時間にルーズというタイムボカンの素質を認められ、JKKの一員に選ばれる。更に教科書の歴史はウソだったという衝撃の事実を知らされるトキオ。本当の歴史『真歴史』を見つけ出すのがJKKの任務なのだ！　コスチュームに着替えたトキオはさっそくメカブトンへ乗り込み、過去へと出発をする。

　タイムトンネルを抜けた先は、紀元前50年の古代エジプト。カレンが装備するバイザーの反応を頼りに進んだ先は…お笑いステージ！？　なんと今回の真歴史は『クレオパトラは実は、クレ夫とパトラという夫婦漫才師だった』であると判明。ところが、クレ夫とパトラのギャグはイマイチ観客にウケていない様子。お笑い大会エジワングランプリで優勝して、歴史に名を残したいと相談を受けたトキオとカレンは、漫才の台本作成や面白いメイクのアドバイスなど手助けをする。

　いよいよ本番、トキオとカレンが観客席から見守る中、クレ夫とパトラの漫才が始まる。さっそく変顔で笑いを取るパトラ。その様子を影から見ていたアクダーマ。漫才師として歴史に名を残したら大変だと、舞台の上から金ダライを落として邪魔をする。クレ夫に見事当たるのだが、観客は大笑い。パトラは落ちてくる金ダライを逆に利用して、さらなる笑いに変えたのだ。

　すっかり目論見が外れたアクダーマ。こうなったら力づくだと、ピラミッドやスフィンクスをスキャンしたデータを元に、古代エジプト全部入りメカを作り出す。トキオとカレンもメカブトンで応戦。すると古代エジプト全部入りメカは、自分の体に蜜を塗り始めた。そんな罠にひっかかるわけない…と思いきや、まんまとおびき寄せられるメカブトン。ビシビシ叩かれ大ピンチ。助けを呼ぼうとカレン。ピコボーのルーレットで選ばれたクモモーターは糸を吐き攻撃、更にメカブトンとスーパードッキング。『ボカンパンチ』となり、アクダーマを特大パンチで撃退したのだった。

　こうして、クレ夫とパトラは見事にエジプトワングランプリを優勝。無事、真歴史を見届けたトキオとカレン。二人の真歴史をめぐる最初の冒険は幕を閉じたのだった。